Resmi Gazete'de yayımlanan karara göre, Mustafa Yılmaz, Enerji Piyasası Düzenleme Kurumu Başkanlığı'na yeniden atandı. Yılmaz, 21 Şubat 2004 tarihli Resmi Gazetede yayımlanan Bakanlar Kurulu Kararı ile EPDK Kurul Üyeliğine atandı. 28 Ocak 2010 tarihinde EPDK İkinci Başkanı olarak görevlendirildi. 20 Şubat 2014 tarihli Resmi Gazetede yayımlanan Bakanlar Kurulu Kararı ile EPDK Başkanı olarak atanan Yılmaz, görev süresinin bitimini müteakiben 1 Mart 2016 tarihli Resmi Gazetede yayımlanan Bakanlar Kurulu Kararıyla da EPDK Başkanı olarak ikinci kez getirildi.
4 yıllık görev süresinin dolmasının ardından Mustafa Yılmaz; 3 Mart 2020 tarihinde Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan imzasıyla Resmi Gazete’de yayımlanan kararla ve 4628 sayılı Enerji Piyasası Düzenleme Kurumunun Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun'un 5'inci maddesi ile 3 sayılı Cumhurbaşkanı Kararnamesi'nin 2, 3 ve 7'nci maddeleri gereğince üçüncü kez EPDK Başkanlığı görevine atandı.
